تصفیه ثانویه توسط اکسیداسیون بیوشیمیایی ترکیبات آلی محلول و کلوئیدی به طور گسترده ای در پکیج تصفیه فاضلاب استفاده می شود و در برخی از فاضلاب های کشاورزی و صنعتی قابل استفاده است. اکسیداسیون بیولوژیکی ترجیحاً ترکیبات آلی مفید به عنوان منبع غذایی برای اکوسیستم تصفیه را حذف می کند . غلظت برخی از ترکیبات کمتر قابل هضم ممکن است توسط متابولیسم مشترک کاهش یابد . کارایی حذف با حداقل غلظت مواد غذایی مورد نیاز برای حفظ اکوسیستم درمان محدود می شود.