جداسازی فاز ناخالصی ها را به یک فاز غیرآبی منتقل می کند . جداسازی فاز ممکن است در نقاط میانی در یک توالی تصفیه برای حذف مواد جامد تولید شده در طی اکسیداسیون یا پرداخت رخ دهد. چربی و روغن ممکن است برای سوخت یا صابون سازی بازیابی شوند . اغلب نیاز به آبگیری از لجن در تصفیه خانه فاضلاب هست.